Menurut Natsir, Islam – berbeda dengan agama-agama lainnya – mengandung peraturan-peraturan atau hukum-hukum kenegeraan, termasuk hukum perdata dan pidana. Untuk melaksanakan hukum-hukum tersebut tentunya diperlukan lembaga yang dengan kekuasaannya dapat menjamin hukum-hukum itu. Oleh karena itu adanya penguasa atau pemerintah, ummat Islam bebas memilih mana yang paling sesuai asalkan tidak bertentangan dengan hukum-hukum yang telah ditetapkan oleh Islam.

Natsir membenarkan bahwa Islam memang bersipat demokratis, tapi sama sekali tidak berarti bahwa semua hal, termasuk hukum-hukum yang sudah ditetapkan oleh Islam, masih perlu dikukuhkan atau ditetapkan oleh Dewan Perwakilan Rakyat melalui pemungutan suara. Atau dengan kata lain, musyawarah itu hanya terbatas pada hal-hal yang belum ditetapkan hukumnya, dan mencari cara yang terbaik untuk melaksanakan hukum-hukum yang telah ditetapkan. (Sjadzali, 1991: 193)

Natsir menjamin dalam satu negara yang berdasarkan Islam, umat dari agama-agama lain mendapat kemerdekaan beragama dengan luas; dan mereka tidak akan keberatan kala di negara itu berlaku hukum Islam mengenai soa-soal kemasyarakatan, karena hukum tersebut tidak bertentangan dengn agama mereka, mengingat bahwa dalam agama mereka memang tidak ada peraturan yang bersangkutan dengan hal-hal semacam itu.

Dalam pidatonya di muka Pakistan Institute of International Affairs, Karachi tanggal 2 April 1952, Natsir mengatakan:

Pakistan jelas merupakan suatu negeri Islam, baik dilihat dari penduduknya (yang beragama Islam) maupun kerena pilihannya untuk menyatakan Islam sebagai agama negara. Demikian pula Indonesia adalah suatu negara Islam dengan adanya kenyataan bahwa Islam diakui sebngai agama bagi rakyat Indonesia, meskipun dalam Undang-undang Dasar RI tidak dinyatakan sebagai agama negara. Tetapi Indonesia tidak memisahkan agama dari kenegaraan. Indonesia menempatkan kepercayaan kepada Tuhan Yang Maha Esa sebagai sila pertama dari Pancasila yang dianut sebagai landasan rohani, moral dan etika bagi negara dan bangsa. Dengan demikian maka di kedua negeri dan rakyat kita, Islam menduduki tempat yang sangat esensial dalam kehidupan kita, hal mana tidak berarti bahwa sistem negara kita itu teokrasi.(Sjadzali, 1991: 194-195)